Nhd. Estragon "Artemisia dracunculus" wurde im 19.Jh. aus frz. estragon entlehnt, das über span. estragón m. auf das hispano-arabische ṭarḫūn zurückgeht (vgl. Tazi 1998: 199f. für die Vorform). Dieses wiederum ist aus griech. drakóntion n. "Drachenkraut" übernommen. Der prothetische Vokal reflektiert eher den arabischen Artikel als ein "unregelmäßiges Präfix" des Französischen, wie Kluge/Seebold2011: 261 meint.
Die Form ersetzt ein seit dem 17.Jh. als Dragant, Dragun oder Dragon bezeugtes Wort, das auf dieselbe griechische Form zurückgeht und in den Mundarten noch fortlebt. Über das Benennungsmotiv und den Zusammenhang des Estragons mit Drachen lässt sich allerdings nur spekulieren, vgl. Genaust 1989: 216f.
Unsicher ist die Zugehörigkeit der nur in mhd. Glossen des 14.Jh. bezeugten Pflanzenbezeichnungen draga und dragel, wozu EWA 1998: 750f. und AWB 1995: 624.

Literatur
AWB 1995: Rudolf Große (Hg.), Althochdeutsches Wörterbuch, Band 2, zitiert nach http://awb.saw-leipzig.de/cgi/WBNetz.
EWA 1998: Albert L. Lloyd/Rosemarie Lühr, Etymologisches Wörterbuch des Althochdeutschen, Band II: bî - ezzo, Göttingen/Zürich: Vandenhoeck & Ruprecht. 
Genaust 1989: Helmut Genaust, Etymologisches Wörterbuch der botanischen Pflanzennamen, 3. vollständig überarbeitete und erweiterte Ausgabe. Basel: Springer.
Kluge/Seebold 2011: Kluge. Etymologisches Wörterbuch der deutschen Sprache, bearbeitet von Elmar Seebold, 25. Auflage, Berlin: de Gruyter.
Tazi 1998: Raja Tazi, Arabismen im Deutschen. Lexikalische Transferenzen vom Arabischen ins Deutsche (Studia Linguistica Germanica 47), Berlin/New York: Walter de Gruyter.